Før ICSI renses ægcellerne for omgivende støtteceller (cumulus oofoorus, granulosaceller). Disse nu nøgne ægceller kan detaljeret vurderes for deres modenhed. Kun de modne ægceller kan anvendes. Der bruges en ultra tynd glaspipette (5 my i diameter) til af fange og inaktivere sædcellen med. Herefter injiceres den i ægcellen ved hjælp af mikromanipulatorer. Proceduren er egentlig en udvidelse af den almindelige IVF metode og alle andre dele af behandlingen ved ICSI er som ved IVF.